L'instrument PCR quantitatif de fluorescence en temps réel se compose d'un système quantitatif de fluorescence et d'un système CCD. La fluorescence au cours du cycle est surveillée grâce à une surveillance en temps réel par CCD. Un ordinateur connecté à un dispositif en temps réel collecte les données de fluorescence. Les données sont affichées sous forme de graphiques grâce au logiciel d'analyse en temps réel développé. Les données brutes sont tracées comme intensité de fluorescence par rapport au nombre de cycles. L'analyse peut commencer après la collecte des données brutes. Le logiciel du dispositif en temps réel peut normaliser les données collectées pour compenser les différences de fluorescence de fond. Après normalisation, les niveaux de seuil peuvent être fixés et les données de fluorescence peuvent être analysées.
Les lampes PCR quantitatives à fluorescence en temps réel sont largement utilisées dans la recherche médicale fondamentale, la détection d'agents pathogènes, le clonage moléculaire, le dépistage génétique, l'expression génique, le génotypage, les tests génétiquement modifiés, les tests de sécurité alimentaire, la surveillance des épidémies de santé publique et d'autres industries et domaines.